股權轉讓中的陰陽合同是指在同一股權轉讓過程中存在兩份不同的股權轉讓合同，即陽合同和陰合同。陽合同是公開披露的合同，其價格與正式簽署的合同一致；而陰合同則是私下約定的合同，其價格往往低于陽合同。這種陰陽合同的差異往往會導致雙方當事人產生糾紛。那么當糾紛發生時，如何來確定這兩份合同的效力，這是一個比較重要的問題。本文將從以下幾個方面進行闡述：

1.?磋商過程

股權轉讓協議的磋商過程是解決爭議的關鍵因素之一。在磋商過程中，雙方當事人應該明確協議的各項條款，包括價格、付款方式、交付時間等。如果在協議磋商中有明確的價格討論和確認記錄，這將有助于確定最終的協議價格。爭議時，可以參考磋商過程的文件和通信來理解各方的意圖。

2.?合同原件的持有情況

雙方是否持有股權轉讓協議的原件也是關鍵因素之一。如果一方擁有正式的合同原件，而另一方沒有，那么正式的合同原件通常會被認為具有更高的法律效力。因此，雙方應當仔細核查是否有正式簽署的合同原件，并妥善保存這些文件以備爭議時使用。

3.?轉讓價款以外的條件和義務負擔

除了價格以外，股權轉讓協議中通常還包括其他條件和義務負擔。這些條件和義務負擔可能會影響到交易的最終價格。雙方當事人需要審查協議中的這些條款，以確保在價格爭議中全面考慮所有相關因素。

4.?股權轉讓款和股權的交付情況

在股權轉讓交易中，款項支付和股權的實際交付通常是同時發生的。雙方當事人應該核實款項是否已按協議支付，以及股權是否已按協議轉讓。這一步驟有助于確定哪一份協議的價格被實際執行。

5.?公司經營情況

在解決爭議時，公司的財務記錄、資產市場價值和經營情況也是關鍵因素。這些信息可以提供有關公司真實價值的線索。如果公司的實際價值與協議價格存在明顯差距，那么可能需要對協議的價格進行重新評估。

6.?其他情況

在一些情況下，公司的注冊資本與實際投資資本可能存在不一致。在處理實際投資人之間的債權和債務關系時，通常會以投資協議為準。這意味著，如果股權轉讓協議旨在解決股東身份問題，其價格與工商登記的注冊資本相符，那么協議可能主要是為了工商登記備案，而不是實際投資關系的準確反映。

在面對股權轉讓協議價格爭議起訴到法院時，法院通常會對這些因素的綜合考慮有助于確定哪一份協議的價格應被視為準確的依據。同時，建議在爭議解決前盡早尋求專業法律意見。